根据工作需要，喀斯特重点实验室设行政办公室、地表演化与岩溶水环境试验室研究室、地质灾害与工程地质研究室、矿山环境整治与技术研发研究室、实验测试中心、重庆南桐矿山地质环境研究生野外研究基地、绥阳双河洞国家地质公园研究生野外研究实践基地、研究生工作室、资料室。
                   根据人员变动情况，2015年9月16日，实验室对各分支机构负责人进行调整，名单如下：
                 朱立军为实验室主任。
                 吴攀为实验室常务副主任,主持实验室行政全面工作。
                 向喜琼为实验室副主任（现挂职于罗甸县龙坪镇）。
                 陈梦瑜为行政秘书。
                 李博为学术秘书。
                 胥思勤为矿山环境整治与技术研发研究室主任。
                 何守阳为地表演化与岩溶水环境研究室主任。
                 刘 宏为地质灾害与工程地质研究室主任。